Dans un retour remarquable, Marcelino est revenu à Villarreal comme entraîneur en 2023, six ans après son précédent mandat, après une période d'introspection. Son impact a été si profond qu'il a gagné le surnom de « Salvador Milagros », reflétant son influence miraculeuse sur l'équipe.
Sous la direction de Marcelino, Villarreal a livré une performance dominante, battant Levante 5-1 lors de la 34e journée de Liga en mai. Cette victoire décisive a non seulement mis en évidence la force de l'équipe, mais a également assuré leur qualification pour la Ligue des Champions, un accomplissement majeur pour le club.
Malgré ce succès, Marcelino a choisi de quitter Villarreal peu après les avoir guidés vers l'élite européenne. Son départ a marqué la fin d'un chapitre transformateur, laissant un héritage de rédemption et de réussite au club.