In un ritorno notevole, Marcelino è tornato al Villarreal come allenatore nel 2023, sei anni dopo il suo precedente mandato, dopo un periodo di riflessione. Il suo impatto è stato così profondo da guadagnarsi il soprannome di "Salvador Milagros", che riflette la sua influenza miracolosa sulla squadra.
Sotto la guida di Marcelino, il Villarreal ha offerto una prestazione dominante, sconfiggendo il Levante 5-1 nella 34ª giornata di Liga a maggio. Questa vittoria decisiva non solo ha evidenziato la forza della squadra, ma ha anche assicurato la loro qualificazione alla Champions League, un traguardo importante per il club.
Nonostante questo successo, Marcelino ha scelto di lasciare il Villarreal poco dopo averli guidati verso l'élite europea. La sua partenza ha segnato la fine di un capitolo trasformativo, lasciando un'eredità di redenzione e successo al club.