Em um retorno notável, Marcelino voltou ao Villarreal como treinador em 2023, seis anos após seu mandato anterior, após um período de reflexão. Seu impacto foi tão profundo que ganhou o apelido de "Salvador Milagros", refletindo sua influência milagrosa no time.
Sob a liderança de Marcelino, o Villarreal apresentou uma atuação dominante, derrotando o Levante por 5-1 na La Liga, na 34ª rodada, em maio. Esta vitória decisiva não apenas destacou a força do time, mas também garantiu sua classificação para a Champions League, uma conquista importante para o clube.
Apesar desse sucesso, Marcelino optou por deixar o Villarreal pouco depois de guiá-lo à competição de elite europeia. Sua saída marcou o fim de um capítulo transformador, deixando um legado de redenção e conquistas no clube.
